答：根据《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》 （财政部 税务总 局 海关总署公告 2019 年第 39 号）规定，纳税人应以注明旅客身份信息的铁路车票、公路、 水路等其他客票作为进项税额抵扣依据。如果丢失票据，贵公司需要从开票方取得补办票据， 作为抵扣依据计算抵扣增值税进项税额。根据中国铁路12306官网中所作的回复，铁路车票丢失不能补办。也就是说员工丢失了铁路车票不能再进行计算抵扣增值税进项税额。但可根据财务制度要求提供相关资料及手续费可进行报销。
政策依据
财政部 税务总局 海关总署
关于深化增值税改革有关政策的公告
财政部 税务总局 海关总署公告 2019 年第 39 号
六、纳税人购进国内旅客运输服务， 其进项税额允许从销项税额中抵扣。（一） 纳税人未取得增值税专用发票的， 暂按照以下规定确定进项税额：1.取得增值税电子普通发票的， 为发票上注明的税额；2.取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的， 为按照下列公式计算进项税额：航空旅客运输进项税额 = （票价+燃油附加费） ÷ （1+9%） ×9%3.取得注明旅客身份信息的铁路车票的， 为按照下列公式计算的进项税额：铁路旅客运输进项税额 =票面金额÷ （1+9%） ×9%4.取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的， 按照下列公式计算进项税额：公路、水路等其他旅客运输进项税额 =票面金额÷ （1+3%） × 3%财政部 税务总局 海关总署2019 年 3 月 20 日
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